Au début des années 1920, Marie Henner, veuve de Jules Henner qui est le neveu de l’artiste, choisit un hôtel particulier emblématique des maisons d’artistes de la plaine Monceau, la maison de Dubufe pour devenir le musée Jean-Jacques Henner. Outre sa donation fondatrice de 1923,  la collection s’est enrichie grâce à de nombreux dons, donations et legs. Le Louvre puis le musée d’Orsay ont consenti plusieurs dépôts importants comme Saint Sébastien et Solitude.

Henner ne possédait pas une importante collection d’œuvres d’art mais les collections du musée comprennent des tableaux, sculptures ou dessins d’autres artistes (Paul Dubois, Adolphe Monticelli, Félix Trutat, Antoine Vollon, François Joseph Heim, Jean et Many Benner...) lui ayant appartenu.

Le musée conserve également des meubles et objets venant de Henner, comme son matériel de peintre ou son costume d’académicien, ainsi qu’un grand nombre de lettres, photographies et documents qui sont accessibles aux chercheurs sur demande.

Au total, ce sont plus de 2200 œuvres qui sont conservées au musée.